Con el cierre de las 18 fechas de la fase de grupos, Universitario, FBC Melgar, Alianza Lima y UCV clasificaron directamente a los cuartos de final del Torneo de Reservas 2024 y pusieron su nombre en la Liga3 2025.

Los próximos cuatro clasificados se definen entre los equipos que terminaron entre el tercer y sexto lugar de sus respectivos grupos. Es decir, Sport Boys, Sporting Cristal, ADT, Sport Huancayo, Atlético Grau, Unión Comercio, Mannucci y Cienciano se jugarán la vida a partido único en los octavos de final, programados para el 25 y 26 de septiembre.

Así quedaron los grupos del Torneo de Reservas tras las 18 fechas ida y vuelta.

Así se jugarán los octavos de final: