El club fue fundado el 15 de noviembre del 2015, en el sector de Moshoqueque. El equipo surgió de la iniciativa de los asociados de la empresa G&B Molinos S. A. C., junto a amigos y vecinos del sector Moshoqueque del distrito de José Leonardo Ortíz. El nombre "Pirata" fue dado por el presidente honorario del club, Luis Guevara Bustamante, quien decidió rendirle homenaje su hermano, quien falleció por una enfermedad que afectó su vista. Esto ya había sido tenido en cuenta previamente por la empresa en su producto "Arroz El Pirata Extra Nir", y en su Molinera "Molino El Pirata". Siendo así, se le dio este nombre también al club, lo cual le ha dado un nombre de amplia notoriedad.