El Real Garcilaso fue fundado el 16 de julio de 2009 bajo el nombre de Asociación Civil Real Atlético Garcilaso por una iniciativa de Julio Vásquez Granilla en la ciudad del Cusco. El club es uno de los equipos peruanos que cuenta con una sede institucional propia denominada Casa Celeste, ubicada en la urbanización Huancaro. En 2012 adquirió un terreno de 40 hectáreas en el distrito de Oropesa, donde viene construyendo su estadio y su sede social.