Fundado en el año 1996 como equipo representativo de la Universidad César Vallejo, realizó su primera participación en el campeonato de la tercera división trujillana a fines de 1996 e inicios de 1997, donde el equipo logró coronarse campeón del torneo. En el año 1998 se coronó campeón de la segunda de Trujillo y ganó el privilegio de participar, a los dos años de fundación, en primera división. Vallejo participó por primera vez en el torneo de primera división en el año 1999.