Fue fundado el 1 de enero de 1939 con el nombre de Club Social Deportivo Alianza Huánuco, luego de la fusión de los equipos Sport Grau de Tingo María y Jorge Chávez (del tradicional Barrio huanuqueño de Iscuchaca Dulce). En 1990, durante la etapa de los Campeonatos Regionales, ascendió a Primera División tras vencer a Social Magdalena de Ayacucho.2​ Participó en el Campeonato Regional del Centro de 1991 con poco éxito, pues apenas logró 9 puntos,3​ y por la reducción de equipos para la siguiente temporada, no lograría su clasificación al Campeonato Descentralizado 1992, perdiendo la categoría y retornando a la Copa Perú.